根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）的相关规定,房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场（库）、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通讯等公共设施，按以下原则处理：　　1、建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除；　　2、建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除；　　3、建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。　　 因此，已转让的两证齐全的地下车库在清算时应计算收入，并准予扣除成本、费用。